М.В. Вагабов относится к числу известных исламоведов страны и республики. Он внес большой вклад в науку по проблемам исламоведения, является автором более ста монографических исследований, брошюр и научных статей. Работы, принадлежащие его перу, отличаются оригинальным подходом к постановке и решению множества связанных с исследованием отечественного исламоведения проблем, глубоким философским анализом и новизной их научного содержания. Значительное место в его творчестве занимают подготовка и издание учебных пособий, программ по религиоведению и спецкурсов для студенческой молодежи. В частности, издательство «Высшая школа» в 1984 г. и повторно в 1988 г. издало учебное пособие для студентов вузов исламских регионов Советского Союза «Ислам и проблемы атеистического воспитания».